A Secretaria Municipal de Meio Ambiente foi criada com a Lei nº 2361/2012 de 18/12/2012  com atividades exclusivamente de meio ambiente. Até então ela esteve junto de outras secretarias, como a Secretaria de Obras e Serviços Públicos, e Secretaria de Agricultura. Devido a isso que no Código Ambiental do Município de Ji-Paraná (Lei nº 1.113/2001) trata da Secretaria Municipal de Meio Ambiente, Obras e Serviços Públicos.

Em meados de 2004 a Secretaria de Meio Ambiente foi separada da Secretaria de Obras e se juntou a Secretaria de Agricultura, onde ficou até 2012. Em janeiro de 2013 já estava atuando sozinha, sendo organizada e composta por profissionais da área ambiental, além dos fiscais que já compunham seu quadro técnico.

Então, de 2013 até o presente momento muita evolução aconteceu, a Semeia passou a fazer licenciamento ambiental, além das atividades que já realizava, como emissão de autorizações, viabilidades, educação ambiental, entre outros.

Ganhou prédio próprio em 2018, dentro do Parque Ecológico de Ji-Paraná, como forma de agir na proteção desta Unidade de Conservação Urbana, que em outro momento (2001 a 2004) já tinha sido a sede da secretaria.